Как только появляются основания предполагать пиелонефрит, моча и кровь берутся на исследование и назначаются антибиотики. Выбор препарата и его дозировка зависят от результатов лабораторных исследований. Применение антибиотиков необходимо для предотвращения повторного инфицирования почек; лечение обычно продолжается в течение 2 недель, а при стойкой инфекции — до 6 недель. Чтобы удостовериться в успешном излечении пиелонефрита, через 4—6 недель после окончания применения антибиотиков делается заключительный анализ мочи.

Если исследования выявляют нарушение, способствуютщее развитию пиелонефрита (например, полную или частичн ую закупорку мочевыводящих путей, патологию в строениии или положении органов, камни в почках и т. д.), может быть необходима хирургическая операция для устранения этого нарушения.

Людям, у которых после окончания применения антибиотиков почки инфицируются вновь, рекомендуется принимать  малые дозы антибиотиков каждый день для профилактики. Оптимальная продолжительность такой терапии неизвестна, но ее можно прекращать в течение года. Если пиелонефрит возникает снова, лечение может быть продолжено.